История вращается в основном вокруг новых приключений Узумаки Наруто, Харуно Сакуры и их поиска Учиха Саске после того как тот покинул родную деревню чтобы обрести силу у Орочимару. Сюжет также покажет большую ативность, чем прежде Акатсуки в продвижении их плана по захвату всех «хвостатых» монстров.
--
После своей провальной попытки вернуть Саске, Наруто узнаёт, что у него остаётся чуть менее трёх лет на подготовку к новому, решающему противостоянию с Орочимару, которому необходимо выждать больше времени перед тем, как он сможет заполучить себе тело Саске. Наруто также должен быть готов к неизбежному сражению с членами Акатсуки, охотящимися за демоном заключённом в нашем герое.
Чтобы подготовиться ко всему этому, Наруто покидает деревню, чтобы усиленно тренироваться под руководством Дзирайи, оттачивая своё мастерство ниндзя. В то же время, Сакуру принимает к себе в подмастерья Тсунаде, а Саске изучает новые техники рука об руку с Орочимару. Так, однажды член Команды 7, каждый из них теперь проходит обучение у одного из Легендарных Саннинов.